La madera de palet normalmente viene tratada para que no pueda tener hongos ni otras cosas. El tratamiento viene indicado en el propio palet (ver ISPM-15 Normas NIMF 15 (ISPM-15): ¿qué son y qué países las exigen?).
Yo creo que la mejor opción es lo que te ha dicho @AlexMartin, pasa de ese palet y usa otro. Si de todas formas quieres usarlo, puedes usar un limpiador de madera (lejía / agua oxigenada / ácido oxálico). En cualquier caso si no te molesta el aspecto, un barniz normal evitará el contacto con la madera y lo que sea que le ha dado ese color.