No se si este es el indice correcto. He leído en otro foro, que las maderas solo cepilladas se encolan mejor,la unión es mas fuerte, y resistente, que si son lijadas. A mi modo de verlo creo que si están bien rectificadas es igual. Que opináis los expertos?
Alberto, saludos
Hola Alberto, la única causa que se me ocurre que peguen peor lijadas, es, por que los poros queden llenos de polvo, eso no ocurre al cepillar, que los cortas con limpieza.
Sabes que si cepillas a repelo, la cuchilla tiende a clavarse, imagina lijar también a repelo (lijamos en sentido de la veta, pero en los dos sentidos), cuando pasamos la lija a repelo lo que hacemos es introducir el polvo del lijado en los poros, pasando el aspirador no creo que existiese mayor problema.
Como contrapartida, lo ideal, tanto para pintura como para adhesivos, recomiendan las superficies limpias y lijadas para mejorar la adherencia 
Yo jamás puse un parche a la bici, sin lijar antes la cámara
Todo eso sin tener en cuenta de que hay maderas que son mas difíciles de pegar que otras, estoy seguro que tu, construyendo instrumentos lo habrás visto, sobre todo con maderas tropicales, no es lo mismo encolar pino, que encolar iroko (por ejemplo).
Opino como tú, no veo mayor diferencia si las superficies están bien preparadas, limpias y se aplica presión mientras seca la cola.
Saludos guitarreros …
si estan cepilladas se supone que las superficies estan totalmente planas con lo que la superficie de contacto es mayor que si esta lijado,ya que con el lijado siempre quedan micro surcos,y es facil que lijando a mano en algunos sitios se coma mas que en otros,lo que hace que al juntar las superficies a encolar no haya contacto en el 100% de la superficie,dicho esto si el lijado esta bien efectuado creo que se notara poca diferencia de pegado de una u otra manera.
Hola Alberto!
Lamento que después de solicitar la opinión de los expertos tengas que leer la mía 
Mi opinión es un poco herencia de uno de mis profes. Yo entiendo el encolado como una unión más química que mecánica. El problema de la lija es que quita y pone, remueve materia pero en ese acto pierde el abrasivo que viene a contaminar la madera. El cepillo en cambio solo quita y además pule la superficie. Yo reservo el cepillado final para el momento justo antes de encolar, así la madera está fresca y recibe la cola más ganas (yo me flipo que la superficie recién cepillada esta chupando todo lo que hay en el ambiente). Que el asentamiento entre las dos piezas es correcto lo doy por sentado.
Un gran saludo!
Rafael.-
Soy nuevo en el foro, así que espero no cubrirme de gloria nada más empezar…
Supongo que dependerá del tipo de adhesivo: Yo siempre he oído que para la cola blanca se fortalecía la unión lijando las superficies a encolar, eso se debe, según mi lógica a que parte de la fortaleza de la unión se debe a que la cola al endurecer se agarra mejor si penetra en los surcos de la lija, me baso en el nulo agarre que tiene la cola en las superficies barnizadas y lo mal que encolan las maderas poco porosas o de cabeza, al tener estas superficies muchos menos lugares en los que anclar que los que tienen los poros naturales de una madera no demasiado densa a lo largo o a través de la veta, o los que se hacen lijando la superficie.
Otra cosa es un adhesivo que cristalice como los instantáneos, que a esos cuanto más lisa y perfecta la superficie más adherencia tienen.