Los agujeros normalmente se hacen de 19 o 20 mm, pues hay accesorios de stas dos medidas. Muchos de ellos te los puedes hacer tú mismo con varilla de haya de 20 mm.
o comprarlos.
La distribución de los agujeros es algo bastante personal, pero yo me haría dos hileras, una cerca del canto del banco , como a 5 cm, y otra más hacia dentro ( a 15 o 20 cm del canto) para tablas más anchas y sujetarlas con dos puntos de sujeción en las testas.
Usa el banco primero y ves pensando cómo te gustaría tenerlos.
También te puedes poner uno o dos agujeros en la testa de la prensa para sujetar piezas cortas desde atrás y presionarlas con unos topes en el banco.
En cuanto a accesorios que te puedes hacer:
Estos son algunos ejemplos , pero hay muchos más.
Los del primer vídeo y los de palanca excéntrica del segundo son muy prácticos y los uso continuamente ( aunque los hice sólo de madera, simplificando al máximo)